实验室严格按照《四川省重点实验室建设与管理暂行办法》和《国家重点实验室建设与管理暂行办法》的规定，并参照教育部和国家重点实验室的模式进行建设和管理，具体内容如下。
（一）运行管理
1．四川农业大学按照《高等学校重点实验室建设与管理暂行办法》的要求，对本实验室的建设给予重点支持。把本实验室纳入学校总体发展规划进行重点建设，定期投入学科建设配套经费、人才引进及培养和实验室建设经费、“双支计划”科研经费。同时，学校平均每年提供了不低于50万元的运转经费，并提供必要的技术支撑、后勤保障和国内外合作与交流的条件。
2．以重点实验室建设项目为纽带，成立以分管校领导为组长，建设项目首席专家为副组长，科技管理处、人事处、研究生处、教务处、国资办、相关学科等有关部门负责人为成员，组成重点实验室建设管理委员会，其主要职能是负责仪器设备购置、配套设施、动物试验设施工程建设的招标或竞争性谈判等重大工作的决策，监督、检查实验室建设项目执行情况，定期或不定期地研究解决项目执行中的重大问题。
3．实验室实行学校领导下的实验室主任负责制，实验室主任对实验室的发展全面负责；实验室设专职秘书，协助实验室主任做好实验室的日常管理工作；实验室下设研究室（实验室），研究室（实验室）主任负责研究室（实验室）的科学研究，人才交流与培养，及日常管理等工作。
4．在日常管理上，本实验室设立正副主任2人，主任负责实验室的全面工作，侧重于实验室的共建，召集实验室学术委员会会议。副主任在主任的领导下，主要负责各自实验室部分的日常运转和管理工作，协助主任制定相应的管理制度，收集整理档案，组织学术交流和对外开放。
实验室制订了《动物抗病营养实验室管理制度》、《对外开放实施细则》、《研究人员守则》、《财务管理暂行规定》、《实验室安全保卫条例》、《研究成果管理试行规定》、《实验仪器使用和保养办法》等一系列的规章和制度，进入实验室的人员需遵守以上规章制度。
（二）合理利用资源
在优先满足动物抗病营养的科学研究、教学实验需求的基础上，实验室制定了“面向社会，开放使用”的原则，形成了“大型精密仪器管理规定”、“仪器设备管理制度”等规章制度。对仪器设备购置的计划、论证、审批、采购、使用、维护直至报废的全过程实施管理，优化配置，开放使用，提高仪器设备的完好率、使用率，更好的为教学、科研和社会服务。逐步建立健全仪器设备管理与使用制度，具体内容包括：
制定《仪器设备管理与使用制度》、《精密仪器大型设备使用管理方法》、《仪器设备损坏丢失赔偿制度》、《开放管理暂行办法》和实验室仪器使用流程须知等多项管理制度，并将管理规章制度及仪器设备的操作规程挂在仪器旁，进入实验室的人员需遵守以上规章制度。
（三）人员聘用及流动
实验室人员由固定人员和流动人员组成。根据运行和发展需要，除相对固定聘任精干学术带头人、科研业务骨干和精干的管理人员外，流动人员均由主任按“带（给）课题和经费进实验室、完成课题后出实验室”的要求聘任，并签订责任、权利、利益明确且具有法律效力的定期聘任合同，报学校科技管理处和人事处备案。
